Snake ลอบเข้าไปช่วยหัวหน้าหน่วยงาน DARPA พบว่า พวกผู้ก่อการร้ายรู้รหัสปลดล๊อคระเบิดนิวเคลียร์ของเขาไปแล้ว และเขาก็หัวใจวายตายไม่นานหลังจากคุยกับ Snake
ผู้หญิงที่ถูกขังอยู่ในห้องขังข้างๆ ห้องของหัวหน้าหน่วยงาน DARPA จัดการทหารที่ดูห้องขังนั่นอยู่ได้ และเปิดประตูให้ Snake ออกมา
เธอตกใจที่เห็นศพของหัวหน้า DARPA และตกใจที่ Solid Snake หน้าเหมือน Liquid Snake ผู้นำกลุ่มก่อการร้าย
ทั้งสองต่อสู้กับทหารและหนีออกมาจากห้องขังได้
